Työväenliike on perinteisesti jakautunut keinojen suhteen kahteen leiriin: reformeja suosiviin sosialisteihin ja vallankumousta ajaviin kommunisteihin. Näiden lisäksi etenkin anarkistit ja feministit ovat painottaneet oman toiminnan merkitystä uuden maailman luomisessa.
Punavihreä Yhteistyö näkee, että mikään näistä keinoista ei yksinään riitä. Reformit ovat liian hitaita ja vallankumous liian kaukana. Maailman muuttaminen oman toiminnan avulla jää helposti pienen piirin puuhasteluksi vailla suurempaa yhteiskunnallista merkitystä.
Siksi tarvitsemme kaikkia kolmea keinoa. Järjestörakenteemme heijastelee näitä osa-alueita: Punavihreä Toiminta perustuu uuden maailman luomiseen konkreettisten tekojen avulla, Punavihreä Kulttuuri silottaa polkua kohti vallankumousta toimimalla kulttuurin ja tiedon parissa, kun taas Punavihreä Politiikka toimii parlamentaarisen demokratian piirissä. Se, mitä yleensä kutsutaan politiikaksi, on siis vain pieni osa Punavihreän Yhteistyön toimintaa.
Puoluekokous
Puoluekokous on Punavihreän Yhteistyön ylin päättävä elin. Vuosittain järjestettävässä kokouksessa päätetään mm. puolueen ohjelmista ja strategioista. Puoluekokouksessa äänivaltaisia ovat varsinaiset jäsenet. Joka toinen vuosi puoluekokous valitsee puolueelle puheenjohtajiston ja hallituksen.
Puoluehallitus
Puoluekokousten välissä puolueen asioita hoitaa puoluehallitus. Sen tehtävänä on taloudenpidon lisäksi huolehtia mm. puoluekokouksen päätösten toteutumisesta sekä strategioiden ja ohjelmien noudattamisesta puolueen toiminnassa.
Puheenjohtajisto
Puoluekokous valitsee joka toinen vuosi puolueelle puheenjohtajiston, joka koostuu puheenjohtajasta sekä ensimmäisestä ja toisesta varapuheenjohtajasta. Puheenjohtajisto valmistelee hallituksen kokoukset ja edustaa puoluetta.
Lumihiutalemalli
Puolue järjestäytyy Marshall Ganzin muotoileman lumihiutalemallin mukaisesti puoluehallituksesta alkaen. Hallituksen seitsemällä varsinaisella jäsenellä on kullakin yksi pääasiallinen ja yksi varavastuualue. Osa-alueita ovat poliittinen toimikunta, talous, jäsenyys, viestintä, tapahtumat sekä alueelliset ja temaattiset työryhmät. Kukin hallituksen jäsenistä kokoaa ympärilleen tiimin huolehtimaan vastuualueestaan. Tiimien jäsenet puolestaan kokoavat omat tiiminsä ja niin edelleen. Malli mahdollistaa teoriassa eksponentiaalisen kasvun ja keskittymisen toimintaan.
Työryhmät
Jokainen puolueen jäseneksi liittyvä valitsee itselleen työryhmän osaamisensa ja mieltymystensä mukaisesti. Temaattiset työryhmät keskittyvät ohjelmatyöhön tai organisaation pyörittämiseen. Temaattisia työryhmiä ovat esimerkiksi ilmastotyöryhmä, perustulotyöryhmä, jäsenkoulutustyöryhmä ja meemitiimi. Alueellisten työryhmien painopiste on käytännön toiminnassa ja alueellisessa järjestäytymisessä. Ne voivat organisoida esimerkiksi keskustelutilaisuuksia paikallisista teemoista, vaatejakelua tai kansankeittiöitä.
Yleiskokoukset
Yhteisiä kokouksia varsinaisille jäsenille, kannatusjäsenille ja toiminnasta kiinnostuneille järjestetään kahden kuukauden välein. Kokouksissa käydään läpi työryhmien saavutuksia ja suunnitellaan tulevaa toimintaa.
Utopiatyöpajat
Tärkein työkalu poliittisten ohjelmien konkretisoimiseksi on utopiatyöpaja. Siinä sovelletaan Theory of change -mallia, jossa tavoitteesta lähdetään muodostamaan askelia taaksepäin, kohti nykyhetkeä. Työpajan jälkeen utopia ei tunnu enää saavuttamattomalta. Utopiatyöpajoja voidaan järjestää kaikilla tasoilla keskusorganisaatiosta kaupunginosiin.